Die AMLA wird von zwei Kollegialorganen, dem Vorstand und dem Verwaltungsrat, geleitet.
Der Vorstand
Der Exekutivausschuss setzt sich aus dem Vorsitzenden und fünf hauptamtlichen Mitgliedern, einschließlich des stellvertretenden Vorsitzenden, zusammen.
Er trifft gegebenenfalls alle Entscheidungen gegenüber einzelnen Verpflichteten oder einzelnen Aufsichtsbehörden.
Das Direktorium wird auch Beschlüsse über den Entwurf des Haushaltsplans und andere Angelegenheiten im Zusammenhang mit den Vorgängen und der Funktionsweise der AMLA fassen.
Der Verwaltungsrat
Der Verwaltungsrat wird zwei alternative Zusammensetzungen haben: eine aufsichtliche Zusammensetzung mit den Leitern der für die Beaufsichtigung der Bekämpfung der Geldwäsche zuständigen Behörden und eine FIU-Zusammensetzung mit den Leitern der zentralen Meldestellen (Financial Intelligence Units, FIU) aus allen EU-Mitgliedstaaten.
Sie wird alle Regulierungsinstrumente annehmen. In ihrer aufsichtlichen Zusammensetzung sollte sie in der Lage sein, zu allen Beschlüssen über direkt beaufsichtigte Verpflichtete, die von einem gemeinsamen Aufsichtsteam ausgearbeitet werden, vor der endgültigen Annahme durch das Direktorium Stellung zu nehmen.
Der Vorsitzende
Der Vorsitzende vertritt die Behörde und leitet die beiden Leitungsgremien, indem er die Arbeit des General- und des Exekutivausschusses vorbereitet und deren Sitzungen leitet.
Am 21. Januar 2025 hat der Rat der Europäischen Union Bruna Szego zum Vorsitzenden ernannt.
Der Exekutivdirektor
Der Exekutivdirektor ist für die laufende Verwaltung der AMLA, die Vorbereitung und Durchführung des Jahresarbeitsprogramms sowie die Aufstellung und Ausführung des Haushaltsplans zuständig.